Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) Institut Pertanian Stiper (INSTIPER) Yogyakarta merupakan lembaga pendukung dalam menjalankan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang dibentuk pada tahun 1989. Pada awal pembentukannya, LPPM mempunyai dua pusat, yaitu:

• Pusat Penelitian Sumber Daya Alam dan Lingkungan (PPSL)
• Pusat Pengelola Kuliah Kerja Nyata

Sesuai dengan perkembangan dan kebutuhan, maka pada tahun 1993 pusat-pusat LPPM bertambah menjadi:

• Pusat Penelitian Studi Lingkungan (PSL)
• Pusat Penelitian Agroekologi (PPA)
• Pusat Penelitian Pengembangan dan Rehabilitasi Mangrove (PPRM)
• Pusat Penelitian dan Pengembangan Teknologi Terapan (P3TT)
• Pusat Pengabdian kepada Masyarakat (PPM)
• Pusat Studi Perkebunan (PSP)
• Penerbitan Buletin Ilmiah 2 (dua) kali dalam setahun.

Mulai tahun 2005, setelah dilakukan evaluasi dalam rangka efisiensi, maka beberapa pusat studi mengalami penggabungan aktivitas dengan pusat-pusat yang lain dalam rangka efisiensi. Aktivitas PSL digabung dengan PPA, sedangkan kegiatan P3TT di masukkan dalam PPM.